POS机受理银行卡。
目前银行POS机能够受理全国所有带有银联标志的银行卡消费业务，包括中、农、工、建、交五大国有银行，民生、光大、华夏等100多家银联成员单位。第三方支付机构现在虽然所有银联卡都能刷，但是一些规模比较的大第三方只能刷和自己有合作的银行机构的银行卡。比如汇付天下。
在这一点上银行POS机优于第三方支付POS机。
POS机布放费用。
银行POS机属于中国银联旗下，国内所有收单银行均属于中国银联或作单位，其POS业务旨在方便不同银行之间银行卡的交易，因此银行POS机安装过程中不收取商户任何费用，只收取机具押金，一般在500元左右；但是必须保证商户在该家银行的账户中具备5万或者5万以上的定期存款。当机具商户不再使用的时候，通知布放机构收回POS机，并全额退回押金，且不收取折旧费。
第三方支付机构的POS机来源主要是从厂家购买。再以原价或高价通过代理商布放其POS机。因为代理商在取得代理资格的同时交纳了大额的保证金和代理费，要想尽快收回资本，便在POS机布放的同时向商户收取费用，按照费率的不同，收取费用也不尽相同。一般0.5%的机具收取2000-3000元之间。1%的费率在1500-2500之间，封顶机具在3000-5000之间，且机具在不使用之后，机具和费用大多不予退还。
在这一点上银行POS机优于第三方支付POS机。但是银行POS机需要5万或者5万以上的存款这一项相信很多商务不能接受，同时银行会收取开户费、密码支付器费、年费。
POS机消费费率。
国内市场上所有POS机安装费率，按照中国人民银行的要求，均要采用银联标准。银行在安装POS机的过程中自然是严格执行自己制定的规定，不然如何能够让全国的成员单位满意。按要求，第三方支付机构必须也要按照银联标准执行，但是要知道他们要盈利就必须大量在市场布放机具，靠收取机具安装费用和刷卡分润来获利，在保证获利的同时还要同银行等同行业竞争，因此第三方所布放的机具中， 0.5%费率商户占有相当大的份额。在银联执行标准中，只有大型超市，家电卖场等与民生相关的商户才可办理0.5%费率机具。
在这一点上第三方支付POS机优于银行POS机。银行POS机必须严格执行央行费率标准，导致很多商户必须缴纳大额刷卡手续费用，这一点第三方支付就有很大的优势。
POS机风险控制。
国内所有的POS收单企业都受中国人民银行的直接监管，银行和第三方支付机构也不例外。每家POS收单企业也都有自己的风险控制系统。相对来讲，银行因为市场存在时间长，经验丰富，所以风险控制比第三方支付要更为成熟和稳定。
银行POS机在持卡人消费之后，资金到达商户账户的时间为第二个工作日。资金在消费至到达商户账户期间，银联不参与资金的流转，只是对资金流转数据通过系统做出处理。
第三方支付机构POS机现在大部分都是在持卡人消费之后第二个工作日到账，但是持卡人消费资金首先到达第三方支付机构的账户，然后第三方在通过自己的系统，按照POS机的费率扣除手续费之后再转入到商户账户里面。现在市场上也存在有部分第三方支付机构的POS机能够当天到账或即时到账。银行POS机要求所有的商户银行卡收单账户必须为商铺对公账户，这就降低了资金风险。而第三方支付机构的银行卡收单账户可以为法人的个人账户，虽方便了商户现金的使用，但是资金存在一定风险。
在这一点上银行POS机优于第三方支付POS机。
但是银行要求必须对公帐户，需要准备营业执照、税务、组织机构代码证、开户许可证、企业公章、法人私章、这些东西，如果资料不齐的话，补这些资料需要一笔不少的费用。而且银行开对公帐户，刷卡交易进对公账户，这样就会产生一定的税收。银行对公帐户，取款很不方便，必须得开支票去银行排队到柜台取钱。
POS机申请标准。
银行POS机申请标准要求商户必须要有实体商铺，且对该商户进行实地考察，拍摄商铺照片，取得商铺营业执照，税务登记证，对公账户账号，法人有效身份证件等。通常一个审批下来多则半年少则两个月。银行办理的pos机都是固定的pos机，银行不可以办理移动pos机。第三方支付机构POS机申请提供资料只需要营业执照和法人有效证件即可办理。时间短、能更方便用户的及时需求，同时第三方可以办理移动POS机。
在这一点上第三方支付POS机优于银行POS机。
为了更好的解释三个机构的区别请看此图
第三方POS机资金结算流程
银行POS机资金结算流程
